A manutenção do filtro de placas ou biológico consiste na sifonagem de fundo, realizada com sifão simples de tubo e mangueira, com o objetivo de retirar o excesso de matéria orgânica acumulada entre o substrato. A frequência desta sifonagem depende das condições de cada aquário, mas podemos citar o intervalo de duas semanas como recomendação geral. Cerca de 20% da água do aquário deve ser trocada a cada sifonagem, adotando-se com a água a ser adicionada os mesmos cuidados recomendados na montagem, inclusive respeitando os valores de temperatura e pH da água restante no aquário. É muito importante não se esquecer da aplicação de condicionadores de água a cada troca parcial de água.
Para os outros tipos de filtros há necessidade de limpeza e/ou troca dos elementos filtrantes na frequência recomendada pelos fabricantes ou conforme as condições de cada aquário. Um cuidado importante consiste em lavar estes componentes fixadores de bactérias com a água retirada do próprio aquário durante a sifonagem, pois com a utilização de água com grande diferença de temperatura ou com cloro pode ocorrer a morte desta população bacteriana.
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